Die Free Beat Company wurde im Herbst 2004 von Maria Zeisler und Gottfried Jaufenthaler während ihrer Lehrtätigkeit an der Musikschule der Stadt Innsbruck gegründet. Ihr Anliegen war es, Menschen einen offenen und kostenlosen Zugang zum freien Musizieren zu ermöglichen. Für dieses Vorhaben stellten sie ausgewählte afrikanische Trommeln zur Verfügung und öffneten ihr Unterrichtszimmer am Freitagabend zur gemeinsamen Improvisation für interessierte Menschen. Bald wurde das Zimmer zu klein, der Direktor der Musikschule Dr. Wolfram Rosenberger stellte für das Projekt den Probesaal der Musikschule zur Verfügung. Die Öffnungszeiten erweiterten sich bald auf die beiden Tage Freitag und Samstag, jeweils vom Nachmittag bis in den späten Abend. 2007 wandelte die damalige Bürgermeisterin Hilde Zach die Lehrtätigkeit von Maria und Gottfried um. 

Sie erkannte den sozialen Wert der Free Beat Idee und stellte die beiden Musikpädagogen im Rahmen ihrer Anstellung an der Musikschule der Stadt Innsbruck für die Leitung und Betreuung dieses Pionierprojekts an. Als die Besucherzahl weiter wuchs, übersiedlete die Free Beat Company 2012 ins Stadtsaalgebäude, in den leerstehenden ehemaligen Plenarsaal der Stadt Innsbruck. Im selben Jahr wurde das Free Beat Projekt mit dem Arthur Haidl Preis ausgezeichnet. Vor Abriss des Stadtsaals übersiedelte die Free Beat Company 2015 in das MOHO Areal in der Matthias Schmid Straße. In einem ehemaligen Redaktionsgebäude der Tiroler Tageszeitung hat die Free Beat Company großartige Räume gefunden, in denen die musikalischen und kreativen Angebote von vielen ganz unterschiedlichen Menschen genützt werden. Die Öffnungszeiten haben sich im Laufe der Jahre von einem auf sechs Tage ausgeweitet.